Tujuan Universitas Nahdlatul Ulama Sulawesi Tenggara adalah:
- Dihasilkannya ilmu pengetahuan, teknologi, budaya dan seni berlandaskan nilai-nilai keislaman, bertaraf internasional, dan berorientasi global dalam rangka membangun masyarakat Indonesia sebagai masyarakat utama.
- Terbentuknya sumber daya manusia berlandaskan nilai-nilai keislaman, memiliki wawasan internasional, dan berorientasi global, serta memberi arah perubahan dalam rangka membangun masyarakat Indonesia sebagai masyarakat plural.
- Terbentuknya sumber daya manusia berlandaskan nilai-nilai keislaman, memiliki wawasan internasional, dan berorientasi global, serta memberi arah perubahan dalam rangka membangun masyarakat Indonesia sebagai masyarakat plural.
- Mendalami dan menyebarluaskan ilmu pendidikan dan nonkependidikan, yang menjadi komponen pokok penyelenggaraan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat.
- Menghasilkan tenaga akademik, profesi atau vokasi pada berbagai jenjang dan jenis yang memiliki kemampuan dalam menunjang usaha pengembangan dan pemberdayaan sumber daya manusia pada berbagai jenjang, jenis, dan jalur.
- Menghasilkan tenaga kependidikan dan nonkependidikan yangbermutu, berkemampuan akademik, profesi atau vokasi di bidangnya.
- Memfasilitasi dan melaksanakan program pendidikan dalam jabatan (inservice training) untuk jabatan tenaga kependidikan dan tenaga penunjang akademik di dalam maupun di luar negeri.
- Mengabdikan ilmu, teknologi, dan seni untuk kepentingan dan pemenuhan kebutuhan masyarakat.
- Memfasilitasi pelayanan teknologi, manajemen dan sistem informasi bagi civitas akademika Universitas Nahdlatul Ulama Sulawesi Tenggara dan masyarakat luas.
- Menjalin kemitraan dalam upaya pemberdayaan dan peningkatan kapasitas daerah.
- Membentuk peradaban Islam di Indonesia melalui integrasi dengan nilai-nilai Islam Nusantara menurut kaidah Ahlussunnaha wal jama’ah yang dikembangkan oleh Nahdlatul Ulama.